坚持“预防为主、防治结合、精准防控、快速处置”的原则，围绕“防感染、降重症、减死亡”的工作要求，压实“四方责任”，落实“四早”要求。聚焦重点人群和重点机构，加强预防接种和健康宣教。开展多渠道监测预警，加强疫情分析与风险研判，及时发现、规范治疗病例，有效处置聚集性疫情，坚决遏制百日咳疫情扩散蔓延势头，最大限度降低重症、死亡风险。
各级各类医疗机构对诊疗中发现的百日咳病例，要依法依规及时进行报告。
要求哨点医院样本开展包括百日咳鲍特菌在内的多病原核酸检测。
1.核酸检测。网络实验室对承担急性呼吸道传染病多病原监测任务的哨点医院报送的样本，开展包括百日咳鲍特菌在内的多病原核酸检测。每周一24时前将多病原检测结果数据录入到“中国流感监测信息系统”相应模块。
2.病原学鉴定。网络实验室对百日咳鲍特菌核酸检测阳性的样本，开展病原菌分离培养以及血清型等病原特征分析，每月5日前将上月结果在“国家致病菌识别 网”信息系统报告。
3.基因测序。网络实验室对百日咳鲍特菌的阳性培养物开展靶基因或全基因测序。
（一）月子中心
（二）托幼机构
（三）中小学校
（四）儿童福利机构和未成年人救助保护机构
（五）医疗机构
实验室检测包括细菌培养、核酸检测、血清学检测及百日咳鲍特菌全基因组测序。
细菌培养、
核酸检测优先采集鼻咽拭子，其次为鼻咽吸取液。卡他期或痉咳期早期患者建议采集鼻咽拭子，持续咳嗽 2—3 周或以上的患者建议开展血清学检测。血清学检测采集单份或双份（急性期、恢复期）血清。
百日咳鲍特菌培养
1.菌株分离培养。细菌培养优先采集鼻咽拭子，其次为鼻咽吸取液。采集鼻咽拭子后，可直接接种培养基，也可经增菌后接种，增菌可提高培养阳性率。
百日咳鲍特菌核酸检测
1.提取DNA。核酸检测优先采集鼻咽拭子，其次为鼻咽吸取液，也可使用培养接种后的拭子进行核酸检测。为提高核酸检测阳性率，建议单独采样。将拭子在无菌生理盐水或磷酸盐缓冲液中洗脱，离心去除上清液，沉渣提取DNA，用于核酸检测；如不能立即提取，可—70℃保存备用。
2.结果判定。国内常用实时荧光PCR技术检测百日咳鲍特菌。核酸检测结果阳性，结合临床表现可诊断为百日咳确诊病例。阴性结果应进一步排除假阴性，假阴性的可能原因包括：样本质量差；样本采集时间过早或过晚；样本保存、运输和处理不当；其他原因如PCR抑制等。
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